1964年近海スルメイカ漁は、前年の半減という大不漁でした（1963年 590,647トン、1964年 238,290トン）。この結果、干しするめ価格が高騰し、これを主原料とするいか加工業者の経営を直撃することになりました。

政府は物価対策もあり、当時、非自由化品目であった干しスルメについて、需要者団体に対し韓国産干しするめの輸入割当を行いましたが、これを巡って、既存の需割団体への加入に難色を示された加工業者が結集し、1965年5月に当団体を設立することになりました。

当時、加工業者にとって最大の経営課題は原料の安定入手と金融問題でした。組合は設立されるや直ちに両課題に取組み、1965年5月の第2回割当では需割団体のひとつに加えられました。金融面でも1965年農林中金から6億9千万円を借入れ、預託運営方式による金融事業を開始します。

1965年設立時の組合名は「全国するめ加工業協同組合」でありましたが、その後原料形態が次第に「するめ」から「生いか」に移行するようになったため、1968年には定款を変更し、「事業」の「するめの共同購入」に「生いか」を追加します。同様に「組合員資格」の「するめの加工を行う業者」に「生いか」を追加し、1971年には干しするめに加え、生鮮冷凍いかの需要者割当も実現しました。この様な事情を背景に、1970年には組合名を「全国いか加工業協同組合」に改めました。

共同購買事業、金融事業の経済事業はその後、社会・経済情勢の変動に影響されながらも組合事業の柱として発展して来ましたが、金融事業ついては、金融機関の破綻・合併等金融環境の変化に伴い、2001（平成13）年12月に終了することになりました。一方、近年は消費者嗜好の多様化が急速に進んだことから、組合員の取扱商品もイカ加工品にとどまらず、イカ以外を原料とする水産加工品や豆、米菓、チーズ・サラミ等の畜肉製品まで広がりを見せています。さらに、「食の安心・安全」への消費者の関心の高まり、食品表示の改正、水産物の輸出強化等に対応するため、現在の様々な事業を展開することになりました。

2021年12月現在で当組合が組合員向けに実施している事業は以下の内容となっています。

  • 共同購買事業（輸入割当て、副資材の共同購入など）
  • 原料対策事業（原料に関する情報提供など）
  • 販路開拓事業（展示会への出展、イベント等への頒布活動など）
  • 教育、及び情報提供に関する事業（組合員向け研修の実施、団体保険の加入など）